“东京决战”一年后，布里塔尼亚少年鲁路修在11区（原日本国）过着平凡的学生生活。但是，鲁路修与弟弟罗洛的一次出行，遇到了黑色骑士团的余党。在与少女C.C再次结成契约之后，尘封的记忆摆在了鲁路修的面前。

故事发生在一个存在着魔力的世界之中，在这里，魔力只出现在年幼的少女们身上，随着年岁渐长，这种魔力会慢慢减弱直至消失不见。随着时代的发展和科技的进步，少女们身上这种神秘的力量获得了越来越多的重视和使用，

《骷髅13》是一部随着世界潮流的创作，取材以时事为主。大小事件的发生、来龙去脉，成了斋藤隆夫搜集的资料。三十年来的世界历史就在《骷髅13》中一目了然。使看漫画的人可以约略明白世界的变动，从“波斯湾战争

为了调查和反抗“海迪安”，人类组织起了名为“N.I.D.F.”的国际防卫组织，战斗机驾驶员哀羽修他们，就这样被卷入了与“海迪安”之间的战斗。 N.I.D.F.的科学主任流姬那由乃所调查的“死者之书”中