“东京决战”一年后，布里塔尼亚少年鲁路修在11区（原日本国）过着平凡的学生生活。但是，鲁路修与弟弟罗洛的一次出行，遇到了黑色骑士团的余党。在与少女C.C再次结成契约之后，尘封的记忆摆在了鲁路修的面前。

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成长了的刹那·F·清英驾驶着EXIA的后续机GUNDAM 00再次降临到世界的舞台。围绕着新生的Celestial Being以及刹那等Gundam Meister的全新的战争将会是……？第二季的制作

为了调查和反抗“海迪安”，人类组织起了名为“N.I.D.F.”的国际防卫组织，战斗机驾驶员哀羽修他们，就这样被卷入了与“海迪安”之间的战斗。 N.I.D.F.的科学主任流姬那由乃所调查的“死者之书”中

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