故事发生在一所名叫第3新东京世立NERV学园中，校长是严肃又寡言的碇原度。作为校长的儿子，碇真嗣感到压力很大。于此同时，来自外国的红发转学生明日香，分裂成三个、以姐妹的形式出场的凌波丽都给碇真嗣的学校