京大医学部为目标的高中生上终瓜生。在儿童福利院长大的瓜生被京都的神社“甘神神社”的宫司收留，留宿。在那里等待着的，是与夜重、夕奈、朝姬的巫女三姐妹的同居生活！而且居住的条件是“作为养子继承神社”！三姐